Puerto Boyacá ist eine am Río Magdalena gelegene Gemeinde (municipio) im Departamento Boyacá in Kolumbien. Das gesamte, sich vorwiegend von der Stadt aus nach Osten erstreckende Gebiet der Gemeinde ist etwa 1500 Quadratkilometer groß.
Puerto Boyacá liegt am Río Magdalena in der Zone des Magdalena Medio in Boyacá, 373 km westlich von der Departamentshauptstadt Tunja. Puerto Boyacá hat eine Durchschnittstemperatur von 28 °C. Die Gemeinde liegt an der Schnittstelle von fünf kolumbianischen Departamentos. An die Gemeinde grenzen im Norden Bolívar im Departamento de Santander, im Süden Puerto Salgar und Yacopí im Departamento Cundinamarca, im Osten Otanche im Departamento de Boyacá und im Westen Puerto Nare, Puerto Triunfo, Puerto Berrío und Sonsón im Departamento de Antioquia sowie La Dorada im Departamento de Caldas.
